2018年10月，南宁市人民政府确定了南宁市人力资源和社会保障局作为实训基地资产管理主体，南宁职业技术学院作为实训基地的运营管理主体，受托全权开展具体运营管理。2019年1月29日，南宁职业技术学院注册成立了运营管理公司——广西南职教育科技有限公司，由运营管理公司全面负责运营团队组建、实训资源维管、服务事项开展、基地招商运作等各项运营管理工作。运营公司拥有独立法人财产权和经营管理权，实行自主经营、独立核算、自负盈亏。2020年7月，南宁市人力资源和社会保障局成立了南宁市职业技能培训和鉴定指导中心，负责实训基地资产管理。

在运营管理上，广西职业技能公共实训基地大胆探索“政府主导和社会参与相结合”“财政投入和市场运作相结合”“目标管理与专业管理相结合”的灵活运营模式，尝试通过资产管理和运营管理主体分离、分工负责，推进实训基地可持续发展。